簡介：高中生偵探工藤新一，在與青梅竹馬的毛利蘭去游樂場玩時無意間目睹了神秘的黑衣人地下交易。專注于偷看的他沒有注意到從身后悄悄接近的黑衣人同伙，被打昏了后強灌下神秘的毒藥——APTX4869，醒來時發(fā)現(xiàn)自己的身體居然變成了小孩！在阿笠博士的建議下，他自稱江戶川柯南，借住在毛利小五郎的偵探事務(wù)所中，一邊偵破案件，一邊追查著神秘的黑暗組織。后來APTX4869的制作者宮野志保（雪莉）因姐姐被殺逃離組織，身體縮小后更名為灰原哀寄住在阿笠博士家。黑暗組織不斷追查著雪莉的下落，而柯南一次次與黑暗組織正面或暗地沖突，后來更是與同樣目的的FBI聯(lián)手。與此同時柯南裝作一年級小學生，用阿笠博士發(fā)明的道具假裝成毛利小五郎破案，為毛利贏得"沉睡的小五郎"盛名。同時他與勁敵怪盜基德的較量也在上演。為了恢復(fù)原來的模樣，柯南仍在不停的追逐著！…